Fox William Mulder è un singolare agente dell’FBI: lavora in un settore chiamato X-Files, un archivio dove vengono catalogati e raccolti tutti i casi ritenuti inspiegabili. Il poster appeso nell’oscuro ufficio di Mulder, divenuto uno dei simboli della serie, riporta la memorabile scritta “I Want to believe” – Io Voglio Credere. All’inizio della serie gli viene affiancato un partner dai suoi superiori, Dana Katherine Scully, medico e scienziata che utilizzando le sue competenze scientifiche avrebbe il compito di screditare le bizzarre tesi di Mulder. In realtà con il passare del tempo anche lei si troverà di fronte a fatti in grado di scuotere le sue certezze e la sua fede nella scienza ufficiale.